Dr.STONE 新石紀 SCIENCE FUTURE 第3季度

從石化狀態復活後的千空等人，將賽諾納為夥伴，並重新啟動「月面登陸計畫」！利用與新夥伴一同收集到的稀有金屬建立起超合金之城，重啟太空船的製作。此外，更利用製作出的火箭引擎，讓破爛不堪的珀爾修斯號升級強化！千空等人分成三支隊伍，分別朝向新的天地邁進！就在此時，突然收到了來自「為何人」的驚愕訊息……！

為了登陸月球，千空一行人踏上了收集新素材的旅程。他們突然收到來自月球上的「為什麼」傳來的驚人訊息，決定挑戰以超快速度建造太空船！眾人立即為了尋找必備素材「螢石」而登陸西班牙，但龍水與法蘭索瓦還有其他「想要」的特殊素材。接著，在朝向下個目的地前進的千空等人面前，出現了圍繞著航線的新障礙！

千空利用賽諾製作的噴射引擎，完成了兩人的第一台合作機器——飛彈。他們利用科學的力量，突破了被漂流木堵塞的蘇伊士運河！透過超神速的捷徑，科學王國的成員們抵達了數學之城——印度。為了獲得火箭開發不可或缺的「數學力」，他們開始尋找龍水所信任的天才數學家——SAI。然而，甦醒後的SAI一見到龍水就立刻逃跑了……！

看見了七海SAI身為天才程式設計師的能力，石神千空宣告要在石之世界製作電腦！另一方面，經由大木大樹等人之手，玉米城的小川杠一行人也從石化中復活！石神千空等人與小川杠的小隊齊心協力，挑戰科學工藝的最難關卡——電腦製作！接著，為了與石神千空等人前往下一個城市建設，正準備出航的七海龍水邀請七海SAI一起走，但是……。

察覺到七海龍水的心意後，七海SAI決定搭乘新珀爾修斯號。在科學王國全體成員合力製作電腦的過程中，懸賞獎金的「新世界數學奧林匹亞」正式開幕！參賽者除了石神千空與七海SAI，竟然連玉米市的瑪古瑪也前來參戰！不擅長數學的瑪古瑪打算利用電腦來挑戰勝負。在此期間，克羅姆等人從石神千空口中得知了關於火箭的衝擊性真相！

千空透露火箭是前往月球的單程票，克羅姆等人深受震撼。無法接受千空悲壯決心的克羅姆與西瓜，自願拜SAI為師，學習數學並秘密尋求往返火箭的可能性。隨後，千空一行人抵達最終目的地印尼。迅速建立橡膠之城的千空，在回到科學王國前，打算製作日本的靈魂食物作為伴手禮！

結束環繞世界一圈的素材蒐集之旅，千空一行人終於回到了日本。他們與寶島的索尤斯等人，以及科學王國的琉璃等人重逢，並重啟石化前就在進行的發射台與水壩建設。在此期間，龍水提出想要能提升團隊士氣的娛樂媒體！隨著電腦從玉米城市運抵，科學王國爆發了一場娛樂革命！另一方面，千空等人保管的石化裝置，突然發生了異變……！

為了查明月球上為何者的所在地，千空等人開始製作人造衛星。科學王國陸續完成無人火箭、發射台與火箭引擎，但發射火箭的開發卻極其困難。然而，千空與賽諾不斷重複嘗試與錯誤，以永不言棄的心持續向宇宙挑戰！另一方面，私下摸索往返火箭之路的克羅姆等人，終於閃現了從月球生還的作戰計畫……

克羅姆等人提議的往返式火箭經由投票通過，全球規模的「往返式火箭開發計畫」正式啟動。千空等人為了與全世界的工程師取得聯繫，宣言要在這個石之世界建立網際網路！緊接著，決定搭乘火箭之太空人的訓練終於開始！駕駛員、科學家、戰鬥員的太空成員人選終於要揭曉了嗎！？

被選為登月太空人的千空、琥珀與龍水三人。雖然身為駕駛員的龍水在訓練中也充滿幹勁，但他卻無法忽視存在著比自己更合適的人選。接著，在地球規模下持續進行的火箭開發也終於迎來高潮。在科學王國的夥伴們懷抱著各自的心意為千空等人送行之際，登月火箭終於刻下航向宇宙的倒數計時！

匯集了全世界人力的登月火箭終於完成！在科學王國成員的注視下，搭載著千空、琥珀與史坦里的火箭朝向宇宙出發。跨越數千年的時光終於抵達宇宙的千空，回想起過去的百夜等人。琥珀等人也隨之醒來，終於要展開宇宙最大的任務——對接！然而，就在史坦里謹慎地進行連結作業時，卻發生了意想不到的器材故障！

與搭乘4號火箭飛向太空的龍水會合，並克服了設備故障的千空一行人。終於，他們抵達了為什麼人的巢穴——月球，千空踏上月球表面，邁出了人類偉大的一步。琥珀與史丹利也降落到月球上，並立刻展開月面探測車的探索。就在此時，琥珀的通訊器突然發生異狀，蠢蠢欲動的凶惡為什麼人，在千空等人面前現出了真面目……！

終於，全人類石化的幕後黑手——為什麼人，在千空等人面前現身了！在與千空的對話中，石化光線的真相接二連三地被揭開。在此同時，機械生物·為什麼人以永生為交換條件，強迫進行寄生！被寄託了石之世界命運的千空，向為什麼人發起了單獨談判……！接著，為了拯救全人類，千空等人朝著前所未有的「未來科學」奔跑前行——！！